من الممكن أن تؤثر جودة المياه الواردة إلى الخزان على مدى تكرار الحاجة إلى تنظيفه. إذا كانت المياه تحتوي على نسبة عالية من المعادن أو الشوائب، فسوف تترسب بسرعة داخل الخزان، مما يستدعي تنظيفًا متكررًا. في بعض المناطق، تكون المياه تحتوي تنظيف خزانات على نسبة عالية من الحديد أو الكالسيوم، وهي تترك بقعًا صعبة التنظيف داخل الخزان. في هذه الحالة، يُنصح باستخدام مواد تنظيف مخصصة لإزالة هذه الرواسب. كما أن وجود شواية أو فلتر أولي قبل دخول الماء إلى الخزان تنظيف خزانات يساعد على تقليل كمية الشوائب الداخلة إليه. لذلك، من الأفضل تركيب فلاتر مياه عند مدخل الخزان لتحسين جودة الماء الداخل. كما أن هذا الإجراء يقلل من تكاليف التنظيف ويقلل من تلف الخزان على المدى الطويل.